Israel-Syrien kann kompliziert werden. Auch wenn durch Jordanien als Transitland, unbedingt wegen Stempeln aufpassen. Nachbarschaftsstreit könnte man sowas nennen.
Israel-Jordanien gibt es soweit ich weiss nur zwei Übergänge: Allenby Bridge, und Aqaba/Eilat. Aqaba ist viel einfacher aber weit südlich.
Israel, Übernachtung nirgends ein Problem. Jordanien in ländichen/nicht touristischen Gebieten meist sehr rustikal.
Viel Spass.