Ferndiagnosen in dem Bereich sind immer schwierig.

Also erstmal muß Du checken, ob das Geräusch auch auftritt, wenn Du aus dem Sattel bist. Wenn nein, dann siehe Wolfrads Mail.
Dann kucken, ob es noch knackt, wenn Du freihändig fährst (natürlich nicht auf öffentlichen Strassen

), wenn nein, dann kommt das Geräusch doch eher von den vorderen Komponenten.
Dann überprüf mal, ob das Geräusch 100% synchron zur Pedalbewegung ist, ist es das nicht, Scheiden Innenlager und alles was drumrum kreist aus.
Dann kannst Du jeweils links/rechts einbeinig fahren um das Problem weiter einzukreisen. Wenn das Geräusch sich auf eine Seite festlegen lässt, dann kann es eigentlich nur im Bereich Pedale/Schuh liegen. Bei mir war's mal das Pedalgewinde - losgeschraubt, gereinigt, festgeschraubt und seitdem Ruhe. Allerdings hattest Du die Pedalen ja schonmal getauscht...
Möglicherweise sind's auch die Schaltzüge (sind doch zwei bei der Rohloff, oder?). Bei der Fahrt mal dran zutteln und gucken, ob sich ein ähnliches Geräusch ergibt. Dann sind möglicherweise die Anschläge oder Endkappen verdreckt und wenn sich der Rahmen minimal unter den wechselnden Lasten verdreht, knirscht es halt. Oder die Zugführung unter dem Innenlagergehäuse...
Viel Glück!