Hallo Sigurd

Also ich vermute mal, dass es an der Einstellung deiner Rennradpedale liegt. Bei Mtb-Pedalen hat man ja meist noch einen gewissen Winkel in dem man den Fuß bewegen kann, bei den Rennradpedalen ist er doch sehr fixiert, was nach Meinung meines Radhändlers die Gelenke stärker belastet.
Am besten die Vorspannung der Pedale etwas reduzieren und vielleicht die Schuhplatten etwas verstetzten.

viele Grüße, Manuel