Schließe mich dem Vorredner an: Das ist eher ein Problem des GPS-Aufzeichungsgeräts (in deinem Fall offenbar Handy mit Komoot-App?) als ein generelles Komoot-Probem.
Das bearbeiten von GPX-Dateien geht am besten in Basecamp von Garmin, aber das ist nicht jedermanns Sache. Darin kannst du aber Tracks teilen und zusammenfügen.
Bei Komoot ist wahrscheinlich die beste Variante, in der Desktop-Version über "Tour neu planen" den Track zu kopieren, und dann an den Stellen, wo die Aufzeichnung ungenau ist, entsprechend zu korrigieren.
Aber über 2 km mehr oder weniger, und vor allem ein paar Höhenmeter mehr oder weniger, würde ich mir keine großen Gedanken machen. Die hm-Angaben sind ohnehin immer Schätzwerte - wenn man mit mehreren Leuten und unterschiedlichen GPS-Geräten die gleiche Tour fährt, sind Abweichungen von 5% oder so ganz normal.
Generell würde ich Handy nicht zum Aufzeichnen und Navigieren empfehlen (hoher Stromverbrauch), sondern ein radspezifisches GPS-Gerät. Ich bin mit dem Element Bolt 2 von Wahoo sehr zufrieden.