Nachdem ich am Wochenende die Zeit und die Muße hatte, mich mit dem Problem nochmal zu beschäftigen habe ich den Übeltäter höchstwahrscheinlich gefunden. Es war die Außenhülle des Schaltzuges. Ich habe unwissentlich Zugüllen montiert, die keine SP Hüllen sind. Auf der Rohbox Webiste ist ja klar angegeben ist, dass diese verwendet werden sollten.
Ich habe dieses Set bestellt und dabei wohl am falschen Ende gespart und mich von der guten Bewertung täuschen lassen: https://www.rosebikes.de/shimano-road-schaltzugsatz-rr-502762?article_size=6075&product_shape=42
Dabei handelt es sich entgegen meiner Annahme nicht um SP hüllen. Das erkennt man ganz gut daran, dass beim Abschnitt der Außenhülle keine Drähte sichtbar sind, sondern eine durchlaufende Metallummantelung (ähnlich einem Rohr). Jetzt habe ich Shimano SP-41 Hüllen montiert und habe damit ein viel definierteres und knackigeres Schaltverhalten.

Warum es dann nur bei einzelnen Gängen zu Problemen gekommen ist, kann ich mir nur dadurch erklären, dass einige Gänge besonders anfällig für ungenaues Schaltverhalten sind und andere die falsche Zughülle quasi "kompensiert" haben.