Es gibt sehr viele verschiedene schöne Wege durch den Jura. Die von Dir gewählte ist in jedem Fall ein recht angenehmes Teilstück, wenn auch ein kleines.
Die Veloroute Nr 7 Jura ist gut, wenn man vielfältig in Richtung Basel oder den Sundgau kommen möchte und weder die Seenroute noch über die Höhen der Schweizer Juraseite auf Wirtschaftswegen navigieren möchte und wenn man vorgegebene Routen bevorzugt. Ab la Chaux de Fonds bis ungefähr Basel bin ich das vor sehr vielen Jahren mal mit einem Rennrad aus den 70 gern (incl 4 Gepäcktaschen) und 23 mm Reifen gefahren. Es gab in jedem Fall geschotterte Abschnitte, was suboptimal war, aber ging.
Eine Kombination der schweizer und der französischen Jurasseite (kontrolliert wurde ich da noch nie ) ist oft sinnvoll und auch problemlos möglich, vor allem im Bereich des Doubs. Hier findet sich auch u.a. die höchste Dichte an Campingplätzen. Auf den Hochflächen ist es bisweilen schwierig kuhfreie Wiesen zu finden.
Auch ein Besuch der Doubsquelle bei Mouthe lohnt (Camping nebenan) ebenso wie die des Flusses Ornon weiter westlich. Neben den Hochweiden sind felsenbeflankte Flußtäler, verschiedene Höhlensysteme und viel Wasser (gerne fallend, unterirdisch versickernd etc) aber auch Hochmoore wie rund um den Lac de S Point charakteristisch für den Jura. Idealerweise nimmt man beim Durchfahren von allem ein wenig mit, zumindest wenns interessiert.

Am besten gefallen mir selbst, betreffend die Schweizer Juraseite, die Höhengebiete oberhalb der Seen mit den Hochweiden, den métairies (und dem Käse), dem Kalkstein und den nordisch anmutenden Gipfeln mit schönen Alpenblicken. Weil die Steigungen auf den Wirtschaftswegen jedoch nicht unerheblich sind, bevorzuge ich das bei einer (erweiterten) Wochenendtour mit etwas weniger Gepäck. Das macht mir dann mehr Spaß.
Die Französische Seite ist vor allem im Norden (im Süden nicht unbedingt)etwas lieblicher und natürlich sowieso großräumiger.
Für Dich ist sie großteils auch deshalb naheliegend, weil Du ja weiter in den Pfälzerwald fahren möchtest, der ja sehr elegant über die Vogesen erreicht werden kann, die hinter dem Sundgau im Norden an den Jura anschließen.

Mit Kommot habe ich meine Probleme und versuche es morgen mal, wenn ich Zeit haben sollte auf einem anderen Rechner.
Danach bin ich allerdings unterwegs (erst Weinlese, dann Vogesen).

Gruß

Nat