Hallo,
am Radweg sind immer wieder Info-Stände, da kannst du dir für ein kleines Aufgeld ein Zimmer buchen lassen, am besten Privat, da kostet die Übernachtung mit Frühstück ca 15-18 €.
Sind alles sehr nette Leute dort. Übernachten in Wien würde ich Kloster-Neuburg empfehlen, da ists billiger..., von dort mit der U-Bahn mit Tagesticket an jeden Ort in Wien...
Zum Radweg: das schönste Stück ist durch die Wachau, zwischen Mautern und Wien ist es eintönig, schnell durch oder mit dem Schiff. VOn Wien gehts mit dem Fahrrad-Zug zurück bis Linz oder Passau.