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Hallo Joese,

ich kenne beide Strecken, also sowohl von Basel übers Jura nach Olten und dann durchs Mittelland zum Genfer See, als auch von Mulhouse über die Burgunder Pforte und durchs Doubs-Tal nach Besancon und weiter Richtung Lyon.

Ich persönlich finde die Route am Doubs entlang landschaftlich wesentlich schöner und empfehlenswerter. Das Schweizer Mittelland ist halt landwirtschaftlich und gewerblich sehr intensiv genutzt und auch teilweise relativ dicht besiedelt. Die Radwege sind zwar in der Tat größtenteils seperat geführt, letztendlich fährt man aber doch recht viel an langweiligen Äckern vorbei und durch Gewerbegebiete. Highlight ist natürlich bei schönem Wetter das Alpenpanorama.

Ich würde den EV6 bis ca. 15 Kilometer westlich von Besancon fahren, dort scharf nach Süden abbiegen bis zum Städtchen Arbois. Dort führt ein wunderschöner Anstieg auf ein Jura-Plateau auf dem man sich dann nur leicht hügelig auf kleinsten Sträßchen bis zum Fluss Ain durchschlängeln kann. Den Ain dann abfahren, er mündet in die Rhone. Von dort kannst Du entweder dem Rhone-Radweg durch Lyon folgen, was ich aber nicht empfehle, oder über die Dörfer Lyon südöstlich umfahren und bei Vienne dann ins Rhone-Tal abfahren.

Die Schweizer Veloroute 7 durchs Jura wurde schon erwähnt, die ist auch sehr schick, aber äusserst höhenmeterintensiv.
Auf französischer Seite nahe der Grenze zur Schweiz lässt sich auch eine schöne Route kombinieren, über Morteau, Pontarlier und dann grob immer nahe der Grenze entlang. So käme man schon etwas nördlich von Seyssel an die Rhone.

Der Rhone-Radweg ist wie ja Veloträumer schon schrieb kein Naturradweg und abschnittsweise auch etwas dröge. Gleichhwohl ist er autofrei und lässt sich gut fahren. Besonderen Spaß macht es, wenn im Rhone-Tal der Nordwind pfeifft, was realtiv oft der Fall ist, dann kann man Tageshöchstleistungsrekorde brechen.

Der Saone zu folgen ist eher langweilig, wenn dann in der Kombination wie von UrbanCosmonaut beschrieben, also mit Einbindung des V51. Die Abkürzung übers Jura wie oben beschrieben ist aber wesentlich kurzweiliger.