Kurzfristig sehe ich keine großen Unterschiede bei der Bremsenwahl. Zupacken können beide, beide laufen mit Mineralöl (und die Wartung ist vergleichbar).
Langfristig frisst dir die Felgenbremse die Felge auf. Ich ziehe eine Bremsanlage vor, wo die Felgen keine Verschleißteile mehr sind. Außerdem sollte die Scheibenbremse etwas zuverlässiger/kräftiger bei Nässe sein.
Wahrscheinlich bekommst du in den USA eher Ersatzteile für eine Shimano-Scheibenbremse als für die Magura-Felgenbremse. Aber bei beiden halte ich Defekte für nicht sonderlich wahrscheinlich.

Wie (pannen-)anfällig Reifen sind, hängt weniger von ihrer Dicke, sondern in erster Linie von ihrem inneren Aufbau ab.
Von der Idee her bedeuten dicke Reifen mehr Luftwiderstand und mit den typischen geringeren Drücken mehr Rollwiderstand. Außerdem sind sie oft schwerer und damit ist das Rad schwerer zu beschleunigen.
Andererseits können dickere Reifen auf loserem Untergrund mehr Grip bieten und mit weniger Druck gefahren etwas komfortabler sein.

Ich würde es vom Untergrund abhängig machen, was du aufziehst. Wenn du fast ausschließlich Asphalt fährst, sind 37er-Reifen fast noch zu dick. Geht es sehr oft über unbefestigte Wege, vor allem auch mit Wurzeln, groben Steinen und Kanten, sind die 47er sicher besser.
Ein Rad würde ich aber nie nach den Reifen kaufen, das sind eh nur Verschleißteile die sich mit minimalem Aufwand tauschen lassen. Wichtiger ist die Maulweite der Felgen, denn die legt fest, welche Reifenbreiten man sinnvollerweise aufziehen kann. Leider finde ich diese Info bei beiden Rädern nicht. Beim VSF steht bezüglich Felgen nur der Hersteller "Ryde" da, bei Cube die mir recht nichtssagende Angabe "Cube EX21". Weil Cube m.W. keine Felgen selbst baut, muss das ein Zukaufartikel sein, aber wenn es 21mm Maulweite wären, wäre das schon mal nicht verkehrt. Da könnte man mit ziemlich Augenzudrücken womöglich gerade so auch noch nen 47er-Reifen drauf machen.