Erstmal danke für die bisher eingegangenen Tipps, insbesondere für den RE ab Jena. Ich habe mal mit Fahrplan und Karten rumgespielt und habe bisher folgende Favoriten:

1. werde ich wohl die kleine Runde von MD-Neustadt nach MD Hbf. machen.

2. liegt momentan a) Jena Paradies -> Kahla (wenn ich ganz fix bin -> Orlamünde) vorne. Da hätte ich 2 Stunden um den nächsten direkten RE zu bekommen und hinter Jena hält der auch öfter.

Zwischen Naumburg und Jena gibt es nämlich nur einen Zwischenstopp in Bad Kösen. Von daher käme dort mit meinem Zeitbudget nur die Variante b) übrig:
Naumburg -> Camburg und weiter mit der RB, die in Saalfeld dann nach 30 min Anschluss Richtung Bamberg - Erlangen hat.

c) wäre auch noch der Abschnitt Kahla -> Rudolstadt möglich.

Wenn jetzt nicht noch sehr gute Argumente für einen anderen Abschnitt kommen, wird es wohl a) werden.