Das dürfte sehr individuell sein.
Ich fahre ausschliesslich SPD-Pedale (im Stile des Shimano PD-M980) auch auf langen Strecken in MTB-Schuhen, egal jetzt ob Stasse oder offroad. Probleme gab es bisher nie, weder auf sehr langen Radreisen noch auf Strassen-Marathons (bis zu 330 km) in den Alpen.
Möglichst steife Sohlen sind sicherlich immer besser geeignet sofern effizientes Pedalieren gefragt ist.