Ganz schlau werde ich aus deiner Anfrage nicht. Welches sind denn - außer dem Bodensee - die möglichen Startorte?
Den Arlberg kenne ich nur Kfz-verseucht und mit Kirmes-artigen Zuständen auf der Passhöhe.
Wenn du unbedingt Innsbruck mitnehmen willst, dann kommst du um mehr oder weniger lange Abschnitte im Inntal nicht herum.
Wenn du zusätzlich Linz mitnehmen willst, bringst du dich um eine schöne Tour durch die Ostalpen.
Wenn du möglichst wenig auf Straßen fahren willst und Radfernwege bevorzugst, bleibt nicht viel mehr als Inn und Donau übrig, was ich ab Rosenheim nicht wirklich schlimm finde.
Gruß
Uli