Jahreszeit: September geht meist gut, fürs Baden in den Alpenseen ist es da auch immer noch gut warm genug (Wasser kühlt ja nicht so schnell ab).

Bodenseestart 1: Eine einfachere Variante ware den Bodensee-Königssee-Radweg zunächst zu befolgen, über Immenstadt (anbei der schöne Alpsee, auch gut zum Baden) bis nach Füssen. Dort wechseln Richtung Reutte/Tirol und weiter über Plansee nach Garmisch. Der Übergang ist Piste, aber gut zu fahren. Ab Garmisch nach Mittenwald, dort recht einfacher Passübergang via Leutasch und Buchensattel ins Inntal bei Telfs. In Mittenwald bieten sich an die Leutaschklamm zu besuchen, ggf. interessieren dich auch Geigen. Anfang Juni die Gegend meiden (G8-Gipfel auf Schloss Elmau)! Sinnvolle Erweiterung ab Leutasch nach Mösern, dort Friedensglocke und berühmter Dürer-Blick auf den Inntal-Määnder. Auch von dort Abfahrt nach Telfs. Seefeld sollte man meiden, Abfahrt nach Zirl zudem offiziel für Radler verboten.

Bodenseestart 2: Wie du angesprochen hast, via Arlberg empfehle ich vom Bodensee ab Dornbirn bzw. Lindau via Götzis, Satteins nach Nenzing, dann ab Bludenz Arlbergroute, Radweg ist zuweilen Schotter, die Lokal-Straße ist aber weitgehend verkehrsberuhigt. Zwischen Langen und Stuben gibt es eine asphaltierte Nebenstrecke ohne Autos. Ab Stuben muss man mit den Autos konkurrieren - an Ausflugstagen sehr viel Verkehr. Landschaftlich ist wohl die Westseite (offene Serpentinen) attraktiver als die Ostseite. Weitere Alternativen sind entweder schwieriger (Zeinisjoch, Bieler Höhe) oder eher weniger schön und insgesamt verkehrsreicher (Hochtannbergpass, ggf. mit Flexenpass zum Arlberg oder Anschluss an obige Route im Lechtal). Nachteil der Arlberg-Route: Das eher unschöne Stück Inntal zwischen Landeck und Innsbruck musst du erneut fahren.

Durch die Schweiz via Engadin, um das gesamte obere Inntal zu fahren, ist natürlich anspruchsvoller. Über Albula und Oberengadin sicherlich wohl der attraktivste Weg. Über Wolfgangpass (Davos) und Flüela nach Zernez lohnt in der Summe dann weniger, weil dir das Oberengadin fehlt und nur der Flüela als schön einzustufen ist.

Weiter nach Innsbruck: In Linz war ich noch nicht. Der Möglichkeiten gibt es fast zu viele. Ich mache folgende reizvollen, eher einfachen Vorschlag: Das Inntal nach Wörgl. Hier macht es Sinn, die Nebentalrotue zu fahren Kramsch - Reintaler See - Angerberg, noch etwas aufwändiger lohnt auch über Schönau. In Wörgl Richtung Ellmau und Going am Wilden Kaiser einschlagen (Truamkulisse, Filmkulisse vom "Bergdoktor"). Was es an Radwegen gibt, musst du schauen. Scheffau - Ellmau gibt es jedenfalls Radweg. Falls Zeit übrig, lohnt ein allerdings steigungsstarker Abstecher zum Hintersteiner See (ab Scheffau). St. Johann/Tirol ist sehenswert, gute Schokolade!

Weiter Nach Reit im Winkl zur Deutschen Alpenstraße. Es folgen mehrere Seen, die hübsch in der Landschaft liegen. Steigungen sind hier moderat. Von Inzell recht einfach auch weiter nach Bad Reichenhall. Wenn du nicht nach Salzburg "musst", dann bietet sich an: weiter nach Berchtesgaden - Oberau - Bad Dürnberg - Hallein. Der Übergang ist etwas kräftiger, ganz einfach wäre über Marktschellenberg nach Taxach/Anif.

Jetzt kommen viele Seen: Wiestalstausee - Strubklamm - Hintersee - Fuschlsee - St. Gilgen/Wolfgangsee - Mondsee - Attersee - Weißenbachsattel - Traunsee - Gmunden - Steinbach am Ziehberg - Micheldorf - Steyrdurchbruch - Steyrtal-Radweg - Steyr - Linz.

Nach Wien: Zwischen Salzburg und Wien bin ich recht komplizierte und Pass-reiche Route gefahren, eben nicht über Linz (Bericht "Ostalpen Salzburg - Wien - Maribor - Salzburg"), die Seen sind auch behandelt in "See la Vie, ggf. weitere Alpenberichte (die meisten im Profil).