Hallo tm, willkomen im Forum!
Deine Frage ist ein wenig schwer verständlich, ich versuche es aber trotzdem mal. Wenn ihr den Rheinradweg stur fahren wollt, um Hügel zu vermeiden, würde ich zum Neckarradweg raten. Die Rheinroute wird eigentlich erst interessant, wenn man den Rhein verlässt bzw. etwas in die Hügel am Rande ausweicht, z.B. Bergstraße, ggf. gar etwas Odenwald, Kraichgau, etwas am Rande der Weinberge im bereich Büchlertal bis hin zur teils schon ordentlichen Ortenauweinstraße. Es gibt wohl nicht immer Radwege auf den schönsten Routen dort oder es wird schnell noch schwieriger. Falls Interesse besteht, kann ich eine Randroute zusammenstückeln. Die Campings in der Rheinebene sind übrigens teurer als am Neckar. Der Schwabe muss sparen.

Wenn ich es recht verstehe, soll es von Villingen nicht direkt nach Donaueschingen an die Donau gehen, sondern zunächst Rundkurs Südschwarzwaldradweg. Ohne Überschneidungen zu machen, gibt es natürlich viele Möglichkeiten, wohl aber fällt da auch wieder Bergarbeit an. Von Villingen z.B. über Tannheim nach Eisenbach nach Neustadt. Besser wäre es mehr Nebenstrecke zu wählen, etwa nach Hammereisenbach über Schollach, Schwarzenbach zu fahren oder gar gleich von Hammereisenbach das Urachtal. Es gibt dann eine Nebenstraße zur Ordnach, ggf. geht auch ein Stück Bundesstraße. So käme man nach Neustadt. Mein landschaftlicher Favorit wäre noch mehr Umweg: von Hammereisenbach das Linachtal rauf, dann auf Bundesstraße bis zum Abzweig Jostal und Jostal ab nach Neustadt.

Rückroute würde ich wohl die Variante mit Altmühltal wählen, obwohl ich es aus eigener Anschauung noch nicht kenne, wohl aber aus Beschreibungen und Dia-Vortrag. "Romantische" Route bezieht sich auf die Orte die verbunden werden, nicht auf die Route selbst - das sollte man wissen, damit die Erwartungen nicht zu hoch hängen.