Vorab, ich bezweifle, dass es einen "offiziellen" Radweg entlang der Moldau gibt. Zumindest im Bereich Orlik dürfte das nicht der Fall sein.
Der Radweg "Hauptstrecke durch Sumava" (33) führt zT entlang der Moldau bzw in der Nähe, das Profil weist aber ziemliche Ausschläge auf, ca 170km
Von Prag bis Domazlice führt der Radweg Nr 3, ca 180km, relativ eben, von Domazlice nach Zelezna Ruda Nr 36/33, aber ganz schöne Anstiege

Beim ADFC steht, dass die Radmitnahme im Gepäckwagen außer in EC, SC, IC möglich ist. Ich hab mein Rad schon im Zug mitgenommen (am Gepäckwagen abgegeben bzw im Vorraum)

Gruß Jutta