Nehmt doch den Nachtzug (4778) von Geneve nach Hendaye. Geneve ab: 21:54, Hendaye an 10:55. Dieser Zug hat 8 Fahrradplätze, die man wahrscheinlich reservieren muss, was zu dieser Jahreszeit wahrscheinlich nicht mehr so ein grosses Problem sein sollte. In Hendaye bist du ja dann sowieso nur noch etwa 80-90km von Pamplona weg, was man auch radeln könnte. Kenne leider diese Ecke von Spanien nicht, hoffe aber dir mit dieser Info geholfen zu haben.
Nachgeschaut habe ich die Verbindung unter
http://www.sbb.ch/pv/files/v-int-02_d.pdf Gruss