Eine Website, auf der sämtliche Fähren Indonesiens dargestellt sind habe ich leider bisher nicht gefunden und vermutlich gibt es auch keine solche.
Auf der Website der staatlichen indonesichen Fährgesellschaft
ASDP Indonesia sind wohl die meisten Verbindungen zu finden. Die Infos sind allerdings nur auf Bahasa Indonesia verfügbar. Dennoch ist es recht einfach - du musst in der Box auf der rechten Seite zunächst die Provinz des Starthafens auswählen, dann bekommst du in der nächsten Zeile die verfügbaren Häfen angezeigt und nach Auswahl eines dieser kannst du dann unter "Tujuan" die möglichen Ziele auswählen. Nach einem Klick auf "Cek" bekommst du dann Tage, Uhrzeiten, Dauer und Preise ("Dewasa" heißt Erwachsene, "Sepeda" heißt Fahrrad) angezeigt.
Zudem hat es noch die staatliche indonesiche Schifffahrtsgesellschaft
Pelni. Diese betreibt meines Wissens keine Fähren, sondern Personenschiffe. Die Mitnahme eines Fahrrads dürfte dennoch kaum ein Problem sein, bei mir und bei anderen hat es jedenfalls einwandfrei geklappt. Auf deren Website ist die Navigation sehr unkomfortabel, da hier die Zielhäfen nicht anhand des Starthafens eingeschränkt werden. Da hilft dann nur, auf gut Glück zu suchen. Eine sehr alte Übersicht über Verbindungen von Pelni hat es
hier.
Eine Fährverbindung von Timor-Leste nach Australien gibt es meines Wissens nicht.