Um gescheit antworten zu können, müsste man eigentlich mehr über Deinen ungefähren Routenverlauf und Präferenzen wissen (sind Steigungen ok, willst Du eher Landschaft oder kulturelle Höhepunkte sehen, oder möglichst kurze Strecke etc).
Ich nehme an, dass Du die Loire von Digoin erst flussaufwärts fährst (Richtung Roanne) und dann aus Richtung Nevers zurückkommst. M.E. hat der Abschnitt Roanne-Nevers ingesamt nicht viel zu bieten, man kann ihn getrost ganz oder teilweise auslassen. Eine südliche Alternative zur EV6 geht Richtung Jura, dazu hat Holger schon Vorschläge gemacht, das hat den Vorteil attraktiver Landschaften, dafür mehr Steigungen. Eine nördliche Alternative wäre wie folgt (von West nach Ost beschrieben):
Die Loire in Decize verlassen, dem
Canal du Nivernais bis Corbigny oder Clamecy folgen, dann Vézelay, Avallon, Semur-en-Auxois, Alésia, weiter am Kanal bis Dijon. An der Saône entlang Richtung Vesoul, dann Servance, Col de Bussang nach Cernay, von dort wahlweise Richtung Freiburg oder Basel. Insgesamt meist flach mit einzelnen gemäßigt hügeligen Passagen.
Viele Grüße,
Stefan