File mit dem Editor anschauen und ein kleines Script mit sed basteln, z.B.

sed -n -e 1,5p -e 6,3005p -e 15000,15006 xyz.gpx > xyz1.gpx
sed -n -e 1,5p -e 3006,6005p -e 15000,15006 xyz.gpx > xyz2.gpx
....

d.h. immer die ersten Zeilen (header, Zeilen 1-5 angenomme), dann 600 Trackpunkte, hier als jeweils 6 Zeilen angenommen, dann den Footer (hier 15000-15006) extrahieren. Wenn Du kein Linux hast, cygwin installieren.