Hallo Jan,
bin im letzten Jahr u.a. vom Lipno-Stausee nach Passau gefahren. Von Passau aus kannst du ein Stück auf dem Donauradweg bis Obernzell fahren. Dort beginnt der Donau-Wald-Radweg, der bis nach Haidmühle führt. Bis Jandelsbrunn ist schon einiges an Höhenmetern zu bewältigen, es geht zwischendurch auch immer wieder mal bergab. Insgesamt sind es auf den gut 60 km von Obernzell bis Haidmühle über 1300 HM. Dafür ist die Streckenführung auf Nebenstrassen und weitgehend verkehrsarm. Genauer Infos (incl. detailliertem Roadbook) findest du unter bayernbike

Ab Haidmühle gibts einen Grenzübergang für Radler und Wanderer. Dort kommst du (teilweise entlang der Schwarzenbergschen Kanäle) zum Lipno-Stausee nach Nova Pec. Wenn du campen willst, musst du dem Stausee an der Nordseite befahren, am anderen Ufer findest du nur direkt bei Nova Pec einen Campingplatz. Hygiene, Ausstattung etc der tschechischen Plätze sind sehr unterschiedlich, meist aber eher bescheiden. Ab Nova Pec kann ich dir den Esterbauer-Führer Moldau-Radweg empfehlen. Aber du darfst dir auf keinen Fall einen typischen Fluss-Radweg, d.h. immer schön flach und in Sichtweite des Wassers, erwarten, sondern du musst immer wieder mit bergauf und -ab rechnen. Wenn das ok ist für dich, dann ist das sicher eine sehr schöne Tour.

Zu Prag kann ich nichts sagen, da war ich noch nicht mit dem Rad.

Ahoj
Volkmar