Hallo,
soviele Fragen auf einmal, mit jeder Menge Antwortmöglichkeiten.

Wenn ich die alle aufzählen würde, käme ein Mega-Beitrag zusammen.
Alternativen für die Strecke durch die Alpen, wenn der Bodensee das Ziel ist:
Das Timmelsjoch ist quasi der östlichste, "sinnvolle" Übergang. Alternativ gehen der Reschenpass, Ofen-/ Flüelapass, Malojapass / Innradweg, Splügen, ... . Im Prinzip geht jeder Süd-Nord-Übergang in der Schweiz, aber je weiter westlich, desto mehr muss man in Italien vor den Alpen quer, das soll weniger schön sein.
Alternativen zum Rhein:
Das ist quasi die Umkehrung zur "Alpen-Problematik", da alle Alternativen weiter östlich verlaufen, deshalb auf jeden Fall immer zusammen zu betrachten. Vom Süden in den Norden entlang der Flüsse geht z.B. auch Bodensee - Neckar - Rhein, Füssen - Lech - Wörnitz - Tauber - Main - Rhein, Garmisch - München - Regensburg - Altmühl - Tauber - .... , und mal eine ganz andere Route wäre durch die Dolomiten - Drautal - Villach - Flattnitz - Sölkpass - Ennstal - Donau - Regensburg - ... oder ... - Ennstal - Salzburg - Passau - Donau - ... oder .....
Karten:
Ich würde zusätzlich(!), nicht alternativ zu den bikeline-Büchern der gewählten Route Strassenkarten (Generalkarte) und/oder ADFC-/BDR-Radkarten mitnehmen. "Gebrauchte" Karten und Bücher kann man zwischendurch per Post heim senden.
Gruß
Uli