Das Garmin-BeSy ignoriert wohl die zusätzlichen Ordner und Dateien, man kann sie auch manuell am PC löschen und beim nächsten Mal über USB-OTG legt sie Android wieder an. Wenn das Gerät noch eine SD-Karte hätte, würden vielleicht auch dort Ordner angelegt, weiß ich aber nicht.
Das Problem war, dass einfach die IMG-Datei mit der Landkarte gelöscht wurde, bzw. sie nur noch 0 Byte groß war.

Ich hatte zwei Landkarten drauf, eine von Deutschland und eine vom Kaukasus, und nur die von Deutschland ist verschwunden. Die vom Kaukasus war noch da, was mir in diesem Moment nicht viel genützt hat.
Stören tun die Android-Dateien nicht, das Navi funktioniert nach wie vor. Und ja, auch auf der SD-Karte wurden Ordner angelegt (und dort befand sich die Landkarte...).