GPSBabel kann mit Garmin *.gdb Dateien umgehen: Dokumentation. Dabei kann es Waypoints, Tracks und Routen lesen und schreiben. GPSBabel hat da viele Optionen wie cat (Kategorie) und bitscategory von denen ich keine Ahnung habe, was die machen. Ich habe auch keine Ahnung ob GPSBabel mit dem umfangreichen Datenschatz inklusive Ordnerstruktur einer Garmin Datenbank vernünftig umgehen kann und ob es irgendwie verschiedene gdb Dateiformate gibt. Aber vielleicht lässt sich da ein Skript basteln, was einen sinnvollen Output erzeugt (z.B. gpx Dateien in Ordnern und Unterordnern des Dateisystems).

Zur Verwaltung von Tracks etc. habe ich noch Routeconverter gefunden. Das kann direkt gdb Dateien einlesen (verwendet vermutlich auch gpsbabel dafür) und läuft dank Java fast überall.

QMapshack wurde ja als Alternative zu BC schon in einem anderen Faden erwähnt:
Re: Garmin GPSmap 60Cx (Navigation)

Disclaimer: Ich habe kein Garmin Gerät und habe in den oben genannten Programmen nur mal ein bisschen rumgeklickt. Ob es wirklich möglich ist, die Garmin Datenbank sinnvoll zu konvertieren und dann in QMapshack zu importieren wage ich zu bezweifeln, es käme mal auf einen Versuch an.

P.S.: Es gibt noch ein anderes gdb Format, was aus der GIS-Ecke kommt und deswegen leicht verwechselt werden kann: ARCGis