Ciao Peter
Ich kann dir nur mit unserer Erfahrung von 2013 helfen, wir sind in Aserbaidschan mit E-Visum eingereist, haben aber auch den Stempel im Pass. Im Anschluss ging es über Georgien nach Armenien. Das hat keine Probleme gegeben.
Beim Austausch von Pässen hatte ich verschiedene Erfahrungen gemacht, insbesondere in Südostasien ging das mal fast in die Hose. Zwischen Tadschikistan und Kirgistan wurde es einmal nicht beanstandet. Zwischen Algerien und Tunesien (da wollte ich den Einreisestempel einfach auch im anderen Pass noch haben) hat es auch mal nicht geklappt, aber relevant ist es ja eigentlich vor allem wenn man ein Visum auf einen bestimmten Pass laufen hat.
Viel Erfolg
Christian