Reduziere mal die Anzahl der Trackpunkte auf ca. 5000 oder weniger und vergleiche dann die Höhenmeter. Das sollte realistischer sein, weil nicht jede popelige Welle mitgezählt wird. Dann sind die Unterschiede nicht mehr so groß.
Zum Nachfahren kannst du ja weiterhin den genauen Track nehmen.
Meine Hoffnung, dass es da eine perfekte Lösung gibt die ich als Ahnungsloser nicht kenne ist jetzt dahin.
Es gibt nur ein einzige Lösung: Abfahren und Hlhenmeter nachmessen.

Gruß
Thoralf