Beide Routen sind schön. Letztlich kann ich es nicht vergleichen, nur wiedergeben, was uns "die Anderen" erzählt haben.
Ich bin die M41 hoch, steigungsmäßig erstaunlich einfach zu befahren, meist asphaltiert. Man ist in Khorog bereits auf über 2000m NN, sodass man schon ein Stück weit akklimatisiert ist, was den Aufstieg erleichtert. Ich fand hier schön, dass man mal raus aus dem großen Tal kam, vergletscherte Schneegipfel von ganz nah zu sehen bekam, die Pässe bewältigbar waren, das weite Hochplateau zu erfahren war. Ich fand die M41 sehr schön, gerade auch landschaftlich.
Von der Wakanroute gab es auch viel Gutes zu hören: Das weite Tal, der Blick auf noch höhere Berge, ein toller Abstecher zu heißen Quellen und einer Festung (und nettem Homestay). Ich habe aber auch (nur vereinzelt) gehört, das Tal sei zwar breiter und man könne mehr Berge sehen, aber so ganz anders als am Grenzfluss vorher sei es auch nicht. Manche störten sich auch am Sand, der vereinzelte Passagen erschwert.
Es gibt wohl auch Leute, die eine Runde gedreht haben und beide Routen kennen; vielleicht äußert sich ja noch mal einer von denen. Letztendlich hängt es aber von einem selbst ab, was einem gefällt; "verpassen" wird man immer was, aber viel sehen und erleben auf der Route, die man gewählt hat (egal welche), wird man dennoch unendlich viel. Ich bereue meine Wahl letztes Jahr jedenfalls nicht.

LG, Peter