In Antwort auf: memy
Wenn ich auf das Ordnersymbol neben Quelldatei auswählen klicke und alle vorhandenen Dateien markiere, werden sie alle im linken Arbeitsfenster angezeigt. Ich kann dort aber immer nur eine auswählen!? verwirrt

Du brauchst dort keine Datei auszuwählen, es werden immer alle im linken Fenster angezeigten Dateien verarbeitet. Lege noch die Zieldateifest und klicke auf "Start".