Hallo Valentin!
Die Route kennst du?
http://www.japancycling.org/v2/cguide/part1/
Kann man etwas variieren. Du kannst aber extreme Steigungen nicht ganz vermeiden.
Z.B. geht es gleich von Osaka einige km so steil hoch, dass es Autos kaum im 1. Gang schaffen.
Fahrradwege habe ich auf 3800 km sehr selten gesehen. Wegen Hitze, Kälte, Regen und der Sprachprobleme auf dem Land rate ich davon ab, dass eine Schwangere fährt.

Falls du noch umbuchen kannst: Kyoto-Hiroshima ist von den Hm deutlich angenehmer zu fahren.