Also Berlin-Warschau wird von einem EuroCity befahren, der zumindest vor einigen Jahren noch mit einem üppigen Fahrradabteil ausgestattet war. Den würde ich versuchen in die Reiseplanung mit einzubauen. Von Allenstein nach Süden zu kommen, sollte mit polnischen Zügen auch nicht das Problem sein.
Bus wäre mir zu heikel, das ist in der Regel wohl ein Glücksspiel, ob und ggf. wie da die Radmitnahme passt.

P.S.: Ab Berlin fährt dann ein CNL ins Ruhrgebiet. Reisen im Schlaf und entspannt mit reserviertem Fahrradstellplatz.