Ich werde zwar nicht mitfahren, würde aber empfehlen, mit der Bahn nicht nach Passau sondern nach Deggendorf zu fahren.
Von Deggendorf 10km auf dem Donauradweg bis Niederalteich. Von dort auf der Querverbindung Donau - Böhmerwald über Haidmühle nach Tschechien.
Diese Route besteht überwiegend aus seperaten Radwegen (teils ehemalige Bahntrasse), ist landschaftlich sehr reizvoll und für Bayerwaldverhältnisse relativ steigungsarm.
Die möglichen Routen von Passau nach Böhmen sind alle bergiger.

Eine weitere Möglichkeit wäre mit der Bahn bis Bayerisch Eisenstein, von dort direkt an der Grenze zu starten und dann die Šumavska Magistrala zu nutzen.

Grüße
Gregor