Hallo Michael!
Das was meinst, das man genau angeben muss, welche Route man nehmen will, heisst Marschrout(e) (ebenso im russischen), die ist aber seit Anfang 1999 nicht mehr vorgeschrieben!
Nur leider ist das noch nicht bei jedem Dorfmilizionär angekommen, und da Moskau ja bekanntlich IMMER weit weg ist...
Was die Fähren von Kiel / Lübeck via Mukran (bei Sassnitz / Rügen - grösster Fährhafen in D) nach St. Peterburg kosten, kann ich zwar nicht sagen, nur das es primär LKW + Eisenbahnfähren sind, mit nur wenigen Passagierplätzen, im Vergleich zu normalen Fähren.
Ab der nächsten Sommersaison soll ja die Finnjet von Rostock / Warnemünde via Tallinn, anstatt weiter nach Helsinki, nach St. Peterburg fahren.
Der Komfort wäre da aufjedenfall deutlich höher, preislich vermutlich nicht viel anders als wie im diesem Jahr - D - Fin one way 1 P. Schlafsessel hab ich 87€ bezahlt.
Visa ist über ein russisches oder ukrainisches Reisebüro wirklich kein Problem, Bearbeitungszeit meist so ca. 4 Wochen im Normalfall (es gibt auch teuere Versionen für Eilige).
Preise weiss ich aber auch nicht (mehr).
Reisebüros könnte ich dir eines in Düsseldorf und einens hier in Bochum nennen.
Ansonsten gibts auch in Russland vertrauenswürdige Reiseradler, die einen einladen könnten....

sowie einen entsprechenden Verein, der sowas annähernd komerziell anbietet (Touren organisieren + begleiten).
Es gibt aber durchaus immer noch Regionen, in Rus, für die man ein spezielles Permit / Visa braucht, z.B. um von St. Peterburg Richtung Norden zu kommen, westlich vom Ladogasee ist hier ein Sperrgebiet für Ausländer bzw. Leute ohne Spezialgenehmigung... (Stand 1999)!
Wie es aktuell mit der Registrierung aussieht, weiss ich auch aktuell nicht, 1999 war es wohl so, das erst ab 3 Tagen Aufenthalt an einem Ort, sowas nötig ist.
Da wir damals nirgends "offiziell" genächtigt hatten - waren mit Zelt unterwegs in Karelien - hatten wir damit keine Probleme.
Auch bei der Ausreise an der Grenze zu Fin hat uns keiner danach gefragt...